棉花生理病害的种类很多，要控制其发生，必须首先查明病因。若是缺素症则根据缺什么补什么的原则，对症下药；若是药害，则通过调节药剂种类、严格按照操作规程处理即可基本解决；若是叶枯病，因病因比较复杂，则主要通过改善土壤及肥水条件来控制病害发生。
1、改良土壤，增强土壤保水保肥的能力，如扩种绿肥，棉花与苜蓿轮作、深耕和稻棉轮作等，都可改善土壤结构，减轻病害发生。
2、合理施肥，如施足底肥、轻施苗肥、巧施花铃肥、补施盖顶肥，氮磷钾合理施用。缺钾棉田应在发病初期喷施1%--2%的氯化钾、硫酸钾或硝酸钾。喷施1.5%尿素，也可减轻病害发生。地膜棉田易发生后期早衰，更要注意花铃肥的施用。
3、加强管理，合理排灌，棉田应精耕细作，及时中耕，及时灌水，严禁大水漫灌，多雨季节要注意及时开沟排水，都有助于减轻叶枯病的发生。
