由于非生物因素的作用，往往导致灵芝生理代谢失调而发生病害。 症状发生生理性病害后，会长出畸形芝，菌丝停止生长或生长不良出现萎缩现象，也有徒长现象发生。 病因由于在栽培中，管理不当，造成芝体营养不良；栽培室温度过高或过低，通风不良；培养料含水量过高或过低或ph值不适；光照不协调；畦床含有过浓的有害气体；农药及生长调节剂使用不当。菌丝没有发育成熟，过早进行覆土，培养料中含氮比例过高，易造成菌丝徒长。 防治方法 （1）加强栽培管理，适时通风透气，保持适当的温湿度，注意环境卫生。 （2）选用优质菌种；合理配制培养料，要求适当的含氮量，常用的麦麸或米糠一般不超过20％，以免菌丝徒长；菌丝体培养成熟后再进行覆土出芝。 （3）可用1％-3％的石灰水喷洒畦床，待表面稍干后再覆盖树枝等遮盖物，也可防止菌丝徒长。 （4）选择合适的农药及生长调节剂，防止农药中毒。
