棉花苗期管理的任务是在苗全、苗齐、苗匀的基础上，促进棉苗根系生长和地上部的正常发育，实现棉苗早发稳长、壮而不旺的目标，为早现蕾打好基础。苗期田间管理主要措施有以下几点：
放苗封土：播后遇雨的地块及时破除土壤板结、助苗出土。播种错位的棉苗破土后及时破膜放苗，并用细土盖好膜孔，尽量避开中午放苗，以防高温灼伤棉苗。
及时定苗：棉苗一片真叶时开始定苗，两片真叶时结束，注意去弱苗，留壮苗，去病苗，留健苗，做到一穴一苗，不留双株，促进棉苗生长整齐健壮，避免出现定苗过晚或气温骤增而长成 高脚苗 。
中耕：中耕可消灭杂草、提高地温、保住底墒、改善根系的呼吸条件，促进棉枝节位及高度。苗早发。一般浇头水前需中耕松土2~3次以上。对于薄砂地，中耕应浅些，对有徒长趋势的棉田，中耕深度应逐次加深，第一次中耕结合间、定苗时进行，深度5~7厘米；第二次在间定苗后进行，深度8~10厘米；第三次在现蕾前进行，深度为10~15厘米。中耕要做到不起大土块，不伤苗，达到行间平整、松碎。
滴出苗水：干播湿出棉田亩滴水10方为宜。严禁地表形成径流。另尾部毛管须打结深埋，干管、支管要用土压实，防止大风掀膜。
苗期化控：苗期化控可促根系发育、降低始果出苗后两片子叶展平转绿进行第一次化控，亩用缩节胺0.5~1克；2~3片真叶时进行第二次化控，亩用缩节胺1.2~1.5克，对水30公斤机械喷洒。药量一般根据棉苗长势长相品种特点灵活掌握。机械作业时要采取保护措施，避免机械压损滴灌管道系统。一般化控同时亩施尿素50克+磷酸二氢钾150克进行叶面追肥。化控前打药机要用洗衣粉或碱面浸泡24小时清洗。
