银杏病虫很少，常见的有： ①茎腐病。一年生苗受害最重，使皮层与木质部脱离，叶片下垂枯死。主要是因夏季炎热，根颈灼伤，病菌入侵。夏季行间覆草降低地面温度，可减少发病。 ②大蓑蛾。为害叶片，卷成很大的袋囊。用人工摘除越冬虫囊，喷布杀虫药剂。 ③天牛类。为害枝干，人工捕捉成虫或药液注入虫孔。④金龟子与木蚕蛾类。用黑光灯诱杀或用一六O五及锌硫磷等进行防治。 ⑤白蚁类。白蚁剥食树木根颈和干部皮层，蛀食木质部。挖除蚁巢，用喷粉枪喷蚁穴或用烟利灭蚁。 另外，还有叶斑病、小卷叶蛾和蓟马等病虫害，应注意预防。
