生态防治。这是控制大棚茄子灰霉病的有效途径。采用地膜全膜覆盖，大棚用无滴膜。切忌棚内只盖畦面，不盖畦沟。结合变温管理，加强通风，晴天上午棚温升到33℃时开始放风，中午和下午继续放风，保持棚温25℃，湿度降到70%以下。当棚温降到20℃时关闭大棚，使夜间棚温保持在17℃。阴天开门通气。这样上午控温、下午控湿，形成不利于灰霉病发生的环境。 机械防治。发病初期摘除病花瓣、病果、病叶，集中深埋，防治效果可达85%以上。 药剂防治。定植前用万霉灵1000倍液喷洒幼苗，达到无病苗下田；花期，在配制好的药水中加入腐霉利可湿性粉剂沾花或涂抹；大棚茄子在发病初期或阴雨连绵的天气条件下，可用45%的百菌清烟熏剂熏烟，每亩200-250克，在傍晚进行，次日通风，每隔7天一次。发病初期开始喷洒霉特灵、腐霉利、多霉灵等防治，每隔5-7天一次，连用4-5次。 因灰霉病易产生抗药性，要坚持“预防为主，综合防治”的方针，尽量采用农业措施防治，控制用药量和用药次数。农药必须轮换施用和混配施用，以利于延缓抗药性产生，提高防治效果。
