堆肥处理是固体废弃物如畜禽粪便、城市乡镇生活垃圾、农作物秸秆、农副产品加工废弃物，减量化、无害化以及资源化最有效的处理方法。江苏省农科院资源与环境研究中心土肥专家马艳通过研究发现，堆肥除了具有较好的肥效以外，还有“药效”，能抑制多种土传病原菌的生长、繁殖，对黄瓜猝倒病等土传病害具有一定的防治效果。 马艳介绍说，固体废弃物堆肥过程中，经过发酵、腐解，产生大量的有益微生物如放线菌、霉菌和一些植物病害的拮抗菌以及这些有益菌的代谢产物。堆肥直接施入土壤或制成堆肥浸提液施用，通过营养竞争、拮抗、重寄生与捕食、诱导植物抗病性等作用抑制植物土传病害的发生。 针对黄瓜猝倒病的发生特点和病原物，马艳等科研人员从堆肥中筛选出100多株对病原菌有拮抗作用的菌株，再经过反复试验，优中选优挑选出一株综合性状优良的放线菌，将其标记为A630。据试验，A630生长速度和产孢子速度快，易繁殖；在黄瓜根际可以很好地定殖，不但可以产生抗生物质，营养竞争能力也较强；抗菌谱广，对黄瓜立枯病菌、油菜菌核病菌等病原菌都有较强的拮抗作用；室内实验结果，对黄瓜猝倒病防效可达50％―60％。
